生物有机肥含有丰富的有机质、腐植酸、氨基酸和氮、磷、钾、钙、硫、镁、锌、铜、硼、锰、铁等，养分全面，是农作物的“全价肥料”。其中有机质、腐植酸、氨基酸通过微生物活动可以不断释放出植物生长所需营养元素和激素。对植物生长有调节作用，有促进根系发育、帮助营养元素的吸收，提高叶绿素含量，增强光合作用，达到速效长效相结合、促进农业稳产高产的目的。
施用生物有机肥后，由于多种有益微生物菌在土壤植物根部大量生产繁殖，与植物病原菌竞争营养，从而抑制植物病原菌的生长，减少病原菌数量；产生各种酶类，溶解破坏植物病原菌细胞；产生抗生素直接抑制或杀死植物病原菌及某些害虫。腐植酸对植物某些病害也有一定抑制作用，尤其能适当控制作物叶面气孔的开放度，减少蒸腾，提高作物抗旱能力。
生态农业是可持续发展农业的必由之路，但由于长期大量的使用化肥，造成土壤中有机物质严重不足，肥力下降，土壤板结，理化性状变坏，生态环境被破坏，农业的可持续性发展受到威胁。生物有机肥含有大量有机质、腐植酸，多种有益微生物菌，又含有氮、磷、钾及各种中微量元素，既保护和改善土壤环境，又为植物提供了各种营养元素。可使土壤的生物活跃，土壤疏松，农作物的根系发达，使作物能更多地吸收土壤中的养分，达到高产优质的目的。只有发展有机肥料，坚持用地养地相结合才能缓急相济，长短互补，标本兼治，实现农业高产稳产的目标。
有机农业不允许使用任何化学肥料和化学农药。生物有机肥以其天然性、高效性、多元性等多方面的特点，成为有机农业（或无公害农业、绿色食品农业）不可缺少的肥料品种。目前国内获准有机认证的有限的肥料品种，都是生物有机肥。
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